Na trama, um acordo entre países define a redução de ogivas nucleares em nível mundial, mas os EUA - sob o comando da organização Cobra - fogem do acerto e praticamente iniciam a Terceira Guerra Mundial, enquanto os Joes, desmontados pelo governo, decidem revidar por conta própria.
Jon Chu (Justin Bieber - Never Say Never) dirige o roteiro de Rhett Reese e Paul Wernick, a dupla de Zumbilândia. G.I. Joe 2 chega aos cinemas em 29 de março.